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上位分類群	目名	科名	和名／学名	指定都道府県数	環境省カテゴリ
哺乳類	コウモリ目（翼手目） Chiroptera	ヒナコウモリ科 Vespertilionidae	アブラコウモリ Pipistrellus abramus	1件
哺乳類	コウモリ目（翼手目） Chiroptera	ヒナコウモリ科 Vespertilionidae	アブラコウモリ琉球列島地域個体群 Pipistrellus abramus	1件
哺乳類	コウモリ目（翼手目） Chiroptera	ヒナコウモリ科 Vespertilionidae	ウサギコウモリ Plecotus sacrimontis	27件
哺乳類	コウモリ目（翼手目） Chiroptera	ヒナコウモリ科 Vespertilionidae	ウサギコウモリ近畿地方以西個体群 Plecotus sacrimontis	0件	地域個体群 (LP)
哺乳類	コウモリ目（翼手目） Chiroptera	ヒナコウモリ科 Vespertilionidae	ウスリドーベントンコウモリ Myotis daubentoni ussuriensis	1件
哺乳類	コウモリ目（翼手目） Chiroptera	ヒナコウモリ科 Vespertilionidae	ウスリホオヒゲコウモリ Myotis gracilis	1件	絶滅危惧Ⅱ類 (VU)
哺乳類	コウモリ目（翼手目） Chiroptera	ヒナコウモリ科 Vespertilionidae	オオアブラコウモリ Hypsugo alaschanicus	1件	情報不足 (DD)
哺乳類	コウモリ目（翼手目） Chiroptera	ヒナコウモリ科 Vespertilionidae	オガサワラアブラコウモリ Pipistrellus sturdeei	0件	絶滅 (EX)
哺乳類	コウモリ目（翼手目） Chiroptera	ヒナコウモリ科 Vespertilionidae	カグヤコウモリ Myotis frater	19件
哺乳類	コウモリ目（翼手目） Chiroptera	ヒナコウモリ科 Vespertilionidae	クチバテングコウモリ Murina tenebrosa	1件	情報不足 (DD)
哺乳類	コウモリ目（翼手目） Chiroptera	ヒナコウモリ科 Vespertilionidae	クビワコウモリ Eptesicus japonensis	11件	絶滅危惧Ⅱ類 (VU)
哺乳類	コウモリ目（翼手目） Chiroptera	ヒナコウモリ科 Vespertilionidae	クロアカコウモリ Myotis formosus	1件	絶滅危惧ⅠA類 (CR)
哺乳類	コウモリ目（翼手目） Chiroptera	ヒナコウモリ科 Vespertilionidae	クロオオアブラコウモリ Hypsugo alaschanicus velox	2件
哺乳類	コウモリ目（翼手目） Chiroptera	ヒナコウモリ科 Vespertilionidae	クロホオヒゲコウモリ Myotis pruinosus	24件	絶滅危惧Ⅱ類 (VU)
哺乳類	コウモリ目（翼手目） Chiroptera	ヒナコウモリ科 Vespertilionidae	コテングコウモリ Murina ussuriensis	35件
哺乳類	コウモリ目（翼手目） Chiroptera	ヒナコウモリ科 Vespertilionidae	コヤマコウモリ Nyctalus furvus	5件	絶滅危惧ⅠB類 (EN)
哺乳類	コウモリ目（翼手目） Chiroptera	ヒナコウモリ科 Vespertilionidae	シナノホオヒゲコウモリ Myotis ikonnikovi hosonoi	3件
哺乳類	コウモリ目（翼手目） Chiroptera	ヒナコウモリ科 Vespertilionidae	シナノホオヒゲコウモリ中国地方個体群 Myotis ikonnikovi hosonoi	0件	地域個体群 (LP)
哺乳類	コウモリ目（翼手目） Chiroptera	ヒナコウモリ科 Vespertilionidae	シナノホオヒゲコウモリ紀伊半島個体群 Myotis ikonnikovi hosonoi	0件	地域個体群 (LP)
哺乳類	コウモリ目（翼手目） Chiroptera	ヒナコウモリ科 Vespertilionidae	チチブコウモリ Barbastella leucomelas	16件

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