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上位分類群	目名	科名	和名／学名	都道府県	文献上のカテゴリ	環境省カテゴリ
哺乳類	コウモリ目（翼手目） Chiroptera	オオコウモリ科 Pteropodidae	オキナワオオコウモリ Pteropus loochoensis	沖縄	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
哺乳類	コウモリ目（翼手目） Chiroptera	キクガシラコウモリ科 Rhinolophidae	ミヤココキクガシラコウモリ Rhinolophus pumilus miyakonis	沖縄	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
鳥類	タカ Falconiformes	タカ Accipitridae	ダイトウノスリ Buteo buteo oshiroi	沖縄	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
鳥類	ハト Columbiformes	ハト Columbidae	リュウキュウカラスバト Columba jouyi	沖縄	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
鳥類	ブッポウソウ Coraciiformes	カワセミ Alcedinidae	ミヤコショウビン Halcyon miyakoensis	沖縄	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
鳥類	スズメ Passeriformes	ミソサザイ Troglodytidae	ダイトウミソサザイ Troglodytes troglodytes orii	沖縄	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
鳥類	スズメ Passeriformes	シジュウカラ Paridae	ダイトウヤマガラ Parus varius orii	沖縄	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
魚類	サケ Salmoniformes	アユ Plecoglossidae	リュウキュウアユ Plecoglossus altivelis ryukyuensis	沖縄	絶滅 (EX)	絶滅危惧ⅠA類 (CR)
無脊椎動物	盤足 Discopoda	カワザンショウガイ Assimineidae	リュウキュウカワザンショウ Assiminea sp. D	沖縄	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
無脊椎動物	マイマイ Stylommatophora	ニッポンマイマイ Camaenidae	トクノシマケハダシワクチマイマイ Moellendorffia tokunoensis	沖縄	絶滅 (EX)	絶滅危惧ⅠB類 (EN)
無脊椎動物	マルスダレガイ Veneroida	マルスダレガイ Veneridae	キルン Meretrix sp. A	沖縄	絶滅 (EX)
維管束植物	シダ植物 PTERIDOPHYTA	ゼンマイ Osmundaceae	ゼンマイ Osmunda japonica	沖縄	絶滅 (EX)
維管束植物	シダ植物 PTERIDOPHYTA	イノモトソウ Pteridaceae	ヒメウラジロ Cheilanthes argentea	沖縄	絶滅 (EX)	絶滅危惧Ⅱ類 (VU)
維管束植物	シダ植物 PTERIDOPHYTA	チャセンシダ Aspleniaceae	トラノオシダ Asplenium incisum	沖縄	絶滅 (EX)
維管束植物	シダ植物 PTERIDOPHYTA	ナナバケシダ Tectariaceae	ウスバシダモドキ Tectaria dissecta	沖縄	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
維管束植物	シダ植物 PTERIDOPHYTA	ウラボシ Polypodiaceae	クリハラン Neolepisorus ensatus	沖縄	絶滅 (EX)
維管束植物	離弁花類 ARCHICHLAMYDAE	ジュンサイ Cabombaceae	ジュンサイ Brasenia schreberi	沖縄	絶滅 (EX)
維管束植物	離弁花類 ARCHICHLAMYDAE	マメ Fabaceae	ソロハギ Flemingia strobilifera	沖縄	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
維管束植物	単子葉類 MONOCOTYLEDONEAE	トチカガミ Hydrocharitaceae	トチカガミ Hydrocharis dubia	沖縄	絶滅 (EX)	準絶滅危惧 (NT)
維管束植物	単子葉類 MONOCOTYLEDONEAE	ラン Orchidaceae	ジンヤクラン Arachnis labrosa	沖縄	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)

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