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上位分類群	目名	科名	和名／学名	都道府県	文献上のカテゴリ	環境省カテゴリ
昆虫類	コウチュウ COLEOPTERA	ゲンゴロウ Dytiscidae	オオマダラゲンゴロウ Sandracottus hunteri	熊本	絶滅 (EX)
昆虫類	コウチュウ COLEOPTERA	ミズスマシ Gyrinidae	ツマキレオナガミズスマシ Orectochilus agilis	熊本	絶滅 (EX)	絶滅危惧Ⅱ類 (VU)
昆虫類	チョウ LEPIDOPTERA	シジミチョウ Lycaenidae	ルーミスシジミ Panchala ganesa loomisi	熊本	絶滅 (EX)	絶滅危惧Ⅱ類 (VU)
無脊椎動物	イシサンゴ Scleractinia	クサビライシ Fungiidae	マンジュウイシモドキ Cycloseris vaughani	熊本	絶滅 (EX)
維管束植物	シダ植物 PTERIDOPHYTA	イノモトソウ Pteridaceae	オキナワクジャク Adiantum flabellulatum	熊本	絶滅 (EX)
維管束植物	合弁花類 SYMPETALAE	ムラサキ Boraginaceae	ムラサキ Lithospermum murasaki	熊本	絶滅 (EX)	絶滅危惧ⅠB類 (EN)
維管束植物	合弁花類 SYMPETALAE	シソ Lamiaceae	ルリハッカ Amethystea caerulea	熊本	絶滅 (EX)	絶滅危惧ⅠA類 (CR)
維管束植物	合弁花類 SYMPETALAE	ミツガシワ Menyanthaceae	ミツガシワ Menyanthes trifoliata	熊本	絶滅 (EX)
維管束植物	合弁花類 SYMPETALAE	キク Asteraceae	ミコシギク Leucanthemella linearis	熊本	絶滅 (EX)	絶滅危惧Ⅱ類 (VU)
維管束植物	単子葉類 MONOCOTYLEDONEAE	アヤメ Iridaceae	アヤメ Iris sanguinea	熊本	絶滅 (EX)
維管束植物	単子葉類 MONOCOTYLEDONEAE	クサスギカズラ Asparagaceae	ハマタマボウキ Asparagus kiusianus	熊本	絶滅 (EX)	絶滅危惧ⅠB類 (EN)
維管束植物	単子葉類 MONOCOTYLEDONEAE	カヤツリグサ Cyperaceae	ハタベスゲ Carex latisquamea	熊本	絶滅 (EX)	絶滅危惧ⅠB類 (EN)
維管束植物	単子葉類 MONOCOTYLEDONEAE	イネ Poaceae	ビロードキビ Urochloa villosa	熊本	絶滅 (EX)	絶滅危惧ⅠB類 (EN)
維管束植物	離弁花類 ARCHICHLAMYDAE	バラ Rosaceae	ツクシカイドウ Malus hupehensis	熊本	野生絶滅 (EW)	野生絶滅 (EW)
鳥類	キツツキ Piciformes	キツツキ Picidae	キタタキ Dryocopus javensis richardsi	長崎	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
魚類	ヤツメウナギ Petromyzontiformes	ヤツメウナギ Petromyzontidae	スナヤツメ南方種 Lethenteron sp. S.	長崎	絶滅 (EX)	絶滅危惧Ⅱ類 (VU)
魚類	コイ Cypriniformes	コイ Cyprinidae	カネヒラ Acheilognathus rhombeus	長崎	絶滅 (EX)
魚類	コイ Cypriniformes	コイ Cyprinidae	セボシタビラ Acheilognathus tabira nakamurae	長崎	絶滅 (EX)	絶滅危惧ⅠA類 (CR)
魚類	コイ Cypriniformes	コイ Cyprinidae	カワヒガイ Sarcocheilichthys variegatus variegatus	長崎	絶滅 (EX)	準絶滅危惧 (NT)
魚類	トゲウオ Gasterosteiformes	トゲウオ Gasterosteidae	ニホンイトヨ Gasterosteus nipponicus	長崎	絶滅 (EX)

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