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| 上位分類群 | 目名 | 科名 | 和名／学名 | 都道府県 | 文献上のカテゴリ | 環境省カテゴリ |
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| 菌類 | 真正担子菌 Eubasidiomycetes |
ハラタケ Agaricales |
フサベニヒダタケ Pluteus horridilamellus |
環境省 | 絶滅 (EX) | 絶滅 (EX) |
| 菌類 | 真正担子菌 Eubasidiomycetes |
ハラタケ Agaricales |
オガサワライタチタケ Psathyrella boninense |
環境省 | 絶滅 (EX) | 絶滅 (EX) |
| 菌類 | 真正担子菌 Eubasidiomycetes |
ハラタケ Agaricales |
ムニンチャモミウラタケ Rhodophyllus brunneolus |
環境省 | 絶滅 (EX) | 絶滅 (EX) |
| 菌類 | 真正担子菌 Eubasidiomycetes |
ハラタケ Agaricales |
オガサワラキハツタケ Russula boninensis |
環境省 | 絶滅 (EX) | 絶滅 (EX) |
| 菌類 | 真正担子菌 Eubasidiomycetes |
ヒダナシタケ Aphyllophorales |
アミラッパタケ Albatrellus cantharellus |
環境省 | 絶滅 (EX) | 絶滅 (EX) |
| 菌類 | 真正担子菌 Eubasidiomycetes |
ヒダナシタケ Aphyllophorales |
ニセカンバタケ Ganoderma colossus |
環境省 | 絶滅 (EX) | 絶滅 (EX) |
| 菌類 | 真正担子菌 Eubasidiomycetes |
チャダイゴケ Nidulariales |
ムニンチャダイゴケ Cyathus boninensis |
環境省 | 絶滅 (EX) | 絶滅 (EX) |
| 菌類 | 真正担子菌 Eubasidiomycetes |
ホコリタケ Lycoperdales |
コメツブホコリタケ Lycoperdon henningsii |
環境省 | 絶滅 (EX) | 絶滅 (EX) |
| 菌類 | 真正担子菌 Eubasidiomycetes |
スッポンタケ Phallales |
ハハジマアコウショウロ Circulocolumella hahashimensis |
環境省 | 絶滅 (EX) | 絶滅 (EX) |
| 菌類 | 真正担子菌 Eubasidiomycetes |
ヒメノガステル Hymenogastrales |
スナタマゴタケ Endoptychum agaricoides |
環境省 | 絶滅 (EX) | 絶滅 (EX) |
| 魚類 | サケ Salmoniformes |
サケ Salmonidae |
クニマス Oncorhynchus kawamurae |
環境省 | 野生絶滅 (EW) | 野生絶滅 (EW) |
| 維管束植物 | シダ植物 PTERIDOPHYTA |
ヒメシダ Thelypteridaceae |
ハイミミガタシダ Thelypteris aurita |
環境省 | 野生絶滅 (EW) | 野生絶滅 (EW) |
| 維管束植物 | シダ植物 PTERIDOPHYTA |
オシダ Dryopteridaceae |
コバヤシカナワラビ Arachniodes yasu-inouei var. angustipinnula |
環境省 | 野生絶滅 (EW) | 野生絶滅 (EW) |
| 維管束植物 | シダ植物 PTERIDOPHYTA |
オシダ Dryopteridaceae |
シビイタチシダ Dryopteris shibipedis |
環境省 | 野生絶滅 (EW) | 野生絶滅 (EW) |
| 維管束植物 | 離弁花類 ARCHICHLAMYDAE |
モクレン Magnoliaceae |
コブシモドキ Magnolia pseudokobus |
環境省 | 野生絶滅 (EW) | 野生絶滅 (EW) |
| 維管束植物 | 離弁花類 ARCHICHLAMYDAE |
ベンケイソウ Crassulaceae |
リュウキュウベンケイ Kalanchoe spathulata |
環境省 | 野生絶滅 (EW) | 野生絶滅 (EW) |
| 維管束植物 | 離弁花類 ARCHICHLAMYDAE |
マメ Fabaceae |
ナルトオウギ Astragalus sikokianus |
環境省 | 野生絶滅 (EW) | 野生絶滅 (EW) |
| 維管束植物 | 離弁花類 ARCHICHLAMYDAE |
バラ Rosaceae |
ツクシカイドウ Malus hupehensis |
環境省 | 野生絶滅 (EW) | 野生絶滅 (EW) |
| 維管束植物 | 離弁花類 ARCHICHLAMYDAE |
スミレ Violaceae |
オリヅルスミレ Viola stoloniflora |
環境省 | 野生絶滅 (EW) | 野生絶滅 (EW) |
| 維管束植物 | 単子葉類 MONOCOTYLEDONEAE |
ラン Orchidaceae |
キノエササラン Liparis bootanensis var. uchiyamae |
環境省 | 野生絶滅 (EW) | 野生絶滅 (EW) |
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