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上位分類群	目名	科名	和名／学名	都道府県	文献上のカテゴリ	環境省カテゴリ
菌類	真正担子菌 Eubasidiomycetes	ハラタケ Agaricales	フサベニヒダタケ Pluteus horridilamellus	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	真正担子菌 Eubasidiomycetes	ハラタケ Agaricales	オガサワライタチタケ Psathyrella boninense	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	真正担子菌 Eubasidiomycetes	ハラタケ Agaricales	ムニンチャモミウラタケ Rhodophyllus brunneolus	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	真正担子菌 Eubasidiomycetes	ハラタケ Agaricales	オガサワラキハツタケ Russula boninensis	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	真正担子菌 Eubasidiomycetes	ヒダナシタケ Aphyllophorales	アミラッパタケ Albatrellus cantharellus	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	真正担子菌 Eubasidiomycetes	ヒダナシタケ Aphyllophorales	ニセカンバタケ Ganoderma colossus	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	真正担子菌 Eubasidiomycetes	チャダイゴケ Nidulariales	ムニンチャダイゴケ Cyathus boninensis	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	真正担子菌 Eubasidiomycetes	ホコリタケ Lycoperdales	コメツブホコリタケ Lycoperdon henningsii	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	真正担子菌 Eubasidiomycetes	スッポンタケ Phallales	ハハジマアコウショウロ Circulocolumella hahashimensis	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	真正担子菌 Eubasidiomycetes	ヒメノガステル Hymenogastrales	スナタマゴタケ Endoptychum agaricoides	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
維管束植物	シダ植物 PTERIDOPHYTA	ハナヤスリ Ophioglossaceae	タカネハナワラビ Botrychium boreale	北海道	絶滅 (Ex)	絶滅 (EX)
維管束植物	離弁花類 ARCHICHLAMYDAE	キンポウゲ Ranunculaceae	オオワクノテ Clematis serratifolia	北海道	絶滅 (Ex)
維管束植物	離弁花類 ARCHICHLAMYDAE	アカバナ Onagraceae	エダウチアカバナ Epilobium fastigiatoramosum	北海道	絶滅 (Ex)	絶滅危惧ⅠA類 (CR)
哺乳類	ネコ目（食肉目） Carnivora	イヌ科 Canidae	エゾオオカミ Canis lupus hattai	北海道	絶滅 (Ex)	絶滅 (EX)
哺乳類	ネコ目（食肉目） Carnivora	イタチ科 Mustelidae	ニホンカワウソ北海道亜種 Lutra lutra whiteleyi	北海道	絶滅 (Ex)	絶滅 (EX)
哺乳類	アザラシ目（鰭脚目） Pinnipedia	アシカ科 Otariidae	ニホンアシカ Zalophus japonicus	北海道	絶滅 (Ex)	絶滅危惧ⅠA類 (CR)
鳥類	コウノトリ Ciconiiformes	トキ Threskiornithidae	トキ Nipponia nippon	北海道	絶滅 (Ex)	絶滅危惧ⅠA類 (CR)
鳥類	カモ Anseriformes	カモ Anatidae	カンムリツクシガモ Tadorna cristata	北海道	絶滅 (Ex)	絶滅 (EX)
魚類	チョウザメ Acipenseriformes	チョウザメ Acipenseridae	チョウザメ Acipenser medirostris	北海道	絶滅 (Ex)	絶滅 (EX)
昆虫類	トンボ ODONATA	イトトンボ Coenagrionidae	モートンイトトンボ Mortonagrion selenion	北海道	絶滅 (Ex)	準絶滅危惧 (NT)

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