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上位分類群	目名	科名	和名／学名	都道府県	文献上のカテゴリ	環境省カテゴリ
菌類	真正担子菌 Eubasidiomycetes	ハラタケ Agaricales	オガサワラハツタケ Lactarius ogasawarashimensis	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	真正担子菌 Eubasidiomycetes	ハラタケ Agaricales	Ｌｅｎｔｉｎｕｓｌａｍｅｌｌｉｐｏｒｕｓ Lentinus lamelliporus	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	真正担子菌 Eubasidiomycetes	ハラタケ Agaricales	ムニンヒメカラカサタケ Lepiota boninensis	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	真正担子菌 Eubasidiomycetes	ハラタケ Agaricales	ムニンチヂミタケ Leptoglossum boninense	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	真正担子菌 Eubasidiomycetes	ハラタケ Agaricales	ヘゴシロカタハ Pleurotus cyatheae	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	真正担子菌 Eubasidiomycetes	ハラタケ Agaricales	ダイドウベニヒダタケ Pluteus daidoi	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	真正担子菌 Eubasidiomycetes	ハラタケ Agaricales	フサベニヒダタケ Pluteus horridilamellus	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	真正担子菌 Eubasidiomycetes	ハラタケ Agaricales	オガサワライタチタケ Psathyrella boninense	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	真正担子菌 Eubasidiomycetes	ハラタケ Agaricales	ムニンチャモミウラタケ Rhodophyllus brunneolus	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	真正担子菌 Eubasidiomycetes	ハラタケ Agaricales	オガサワラキハツタケ Russula boninensis	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	真正担子菌 Eubasidiomycetes	ヒダナシタケ Aphyllophorales	アミラッパタケ Albatrellus cantharellus	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	真正担子菌 Eubasidiomycetes	ヒダナシタケ Aphyllophorales	ニセカンバタケ Ganoderma colossus	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	真正担子菌 Eubasidiomycetes	チャダイゴケ Nidulariales	ムニンチャダイゴケ Cyathus boninensis	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	真正担子菌 Eubasidiomycetes	ホコリタケ Lycoperdales	コメツブホコリタケ Lycoperdon henningsii	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	真正担子菌 Eubasidiomycetes	スッポンタケ Phallales	ハハジマアコウショウロ Circulocolumella hahashimensis	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	真正担子菌 Eubasidiomycetes	ヒメノガステル Hymenogastrales	スナタマゴタケ Endoptychum agaricoides	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	接合菌 Zygomycetes	ケカビ Mucorales	ドウタイクスダマカビ Cunninghamella homothallica	環境省	野生絶滅 (EW)	野生絶滅 (EW)
菌類	変形菌 Myxomycetes	モジホコリ Physarales	ナスフクロホコリ Physarum nasuense	栃木	絶滅
菌類	変形菌 Myxomycetes	ケホコリ Trichiales	スミレヒモホコリ Perichaena tessellata	栃木	絶滅

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