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上位分類群	目名	科名	和名／学名	都道府県	文献上のカテゴリ	環境省カテゴリ
魚類	コイ Cypriniformes	フクドジョウ Nemacheilidae	ホトケドジョウ Lefua echigonia	富山	絶滅+野生絶滅	絶滅危惧ⅠB類 (EN)
魚類	トゲウオ Gasterosteiformes	トゲウオ Gasterosteidae	ニホンイトヨ Gasterosteus nipponicus	富山	絶滅+野生絶滅
魚類	スズキ Perciformes	カジカ Cottidae	カマキリ Cottus kazika	山梨	絶滅 (EX)	絶滅危惧Ⅱ類 (VU)
魚類	コイ Cypriniformes	コイ Cyprinidae	スワモロコ Gnathopogon elongatus suwae	長野	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
魚類	ウナギ Anguilliformes	ウナギ Anguillidae	ニホンウナギ Anguilla japonica	長野	野生絶滅 (EW)	絶滅危惧ⅠB類 (EN)
魚類	サケ Salmoniformes	サケ Salmonidae	サケ Oncorhynchus keta	長野	野生絶滅 (EW)
魚類	トゲウオ Gasterosteiformes	トゲウオ Gasterosteidae	ハリヨ Gasterosteus aculeatus ssp. 2	三重	絶滅 (EX)	絶滅危惧ⅠA類 (CR)
魚類	コイ Cypriniformes	コイ Cyprinidae	イタセンパラ Acheilognathus longipinnis	滋賀	絶滅種	絶滅危惧ⅠA類 (CR)
魚類	コイ Cypriniformes	コイ Cyprinidae	ニッポンバラタナゴ Rhodeus ocellatus kurumeus	滋賀	絶滅種	絶滅危惧ⅠA類 (CR)
魚類	コイ Cypriniformes	コイ Cyprinidae	ニッポンバラタナゴ Rhodeus ocellatus kurumeus	京都	絶滅種	絶滅危惧ⅠA類 (CR)
魚類	コイ Cypriniformes	ドジョウ Cobitidae	ヨドコガタスジシマドジョウ Cobitis minamorii yodoensis	京都	絶滅種	絶滅危惧ⅠA類 (CR)
魚類	トゲウオ Gasterosteiformes	トゲウオ Gasterosteidae	ミナミトミヨ Pungitius kaibarae	京都	絶滅種	絶滅 (EX)
魚類	コイ Cypriniformes	コイ Cyprinidae	スイゲンゼニタナゴ Rhodeus smithii ssp.	兵庫	絶滅	絶滅危惧ⅠA類 (CR)
魚類	トゲウオ Gasterosteiformes	トゲウオ Gasterosteidae	ミナミトミヨ Pungitius kaibarae	兵庫	絶滅	絶滅 (EX)
魚類	コイ Cypriniformes	コイ Cyprinidae	ニッポンバラタナゴ Rhodeus ocellatus kurumeus	奈良	野生絶滅種	絶滅危惧ⅠA類 (CR)
魚類	サケ Salmoniformes	サケ Salmonidae	紀伊半島のヤマトイワナ（キリクチ） Salvelinus leucomaenis japonicus	和歌山	絶滅 (EX)	地域個体群 (LP)
魚類	スズキ Perciformes	ハゼ Gobiidae	ドウクツミミズハゼ Luciogobius albus	島根	絶滅 (EX)	絶滅危惧ⅠA類 (CR)
魚類	コイ Cypriniformes	アユモドキ Botiidae	アユモドキ Parabotia curtus	広島	絶滅 (EX)	絶滅危惧ⅠA類 (CR)
魚類	サケ Salmoniformes	サケ Salmonidae	サケ Oncorhynchus keta	広島	絶滅 (EX)
魚類	スズキ Perciformes	キス Sillaginidae	アオギス Sillago parvisquamis	徳島	絶滅 (EX)	絶滅危惧ⅠA類 (CR)

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