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上位分類群	目名	科名	和名／学名	指定都道府県数	環境省カテゴリ
魚類	コイ Cypriniformes	ドジョウ Cobitidae	ビワコガタスジシマドジョウ Cobitis minamorii oumiensis	1件	絶滅危惧ⅠB類 (EN)
魚類	コイ Cypriniformes	ドジョウ Cobitidae	ヤマトシマドジョウ Cobitis matsubarae	6件	絶滅危惧Ⅱ類 (VU)
魚類	コイ Cypriniformes	ドジョウ Cobitidae	ヤマトシマドジョウ種群 Cobitis sp. 'yamato' species complex	1件
魚類	コイ Cypriniformes	ドジョウ Cobitidae	ヨドコガタスジシマドジョウ Cobitis minamorii yodoensis	2件	絶滅危惧ⅠA類 (CR)
魚類	コイ Cypriniformes	ドジョウ Cobitidae	阿賀野川水系のシマドジョウ類 Cobitis sp. BIWAE type C	1件
魚類	コイ Cypriniformes	ドジョウ Cobitidae	琉球列島のドジョウ Misgurnus anguillicaudatus	1件
魚類	コイ Cypriniformes	フクドジョウ Nemacheilidae	エゾホトケドジョウ Lefua nikkonis	2件	絶滅危惧ⅠB類 (EN)
魚類	コイ Cypriniformes	フクドジョウ Nemacheilidae	トウカイナガレホトケドジョウ Lefua sp. 2	2件	絶滅危惧ⅠB類 (EN)
魚類	コイ Cypriniformes	フクドジョウ Nemacheilidae	ナガレホトケドジョウ Lefua sp. 1	12件	絶滅危惧ⅠB類 (EN)
魚類	コイ Cypriniformes	フクドジョウ Nemacheilidae	ホトケドジョウ Lefua echigonia	24件	絶滅危惧ⅠB類 (EN)
魚類	コイ Cypriniformes	フクドジョウ Nemacheilidae	ホトケドジョウ山形型 Lefua sp. Type Yamagata	1件
魚類	コイ Cypriniformes	フクドジョウ Nemacheilidae	ホトケドジョウ北陸型 Lefua sp. Type Hokuriku	1件
魚類	サケ Salmoniformes	アユ Plecoglossidae	アユ Plecoglossus altivelis altivelis	7件
魚類	サケ Salmoniformes	アユ Plecoglossidae	リュウキュウアユ Plecoglossus altivelis ryukyuensis	2件	絶滅危惧ⅠA類 (CR)
魚類	サケ Salmoniformes	アユ Plecoglossidae	屋久島のアユ Plecoglossus altivelis altivelis	1件
魚類	サケ Salmoniformes	アユ Plecoglossidae	種子島のアユ Plecoglossus altivelis altivelis	1件
魚類	サケ Salmoniformes	アユ Plecoglossidae	上甑島のアユ Plecoglossus altivelis altivelis	1件
魚類	サケ Salmoniformes	キュウリウオ Osmeridae	イシカリワカサギ Hypomesus olidus	1件	準絶滅危惧 (NT)
魚類	サケ Salmoniformes	キュウリウオ Osmeridae	シシャモ Spirinchus lanceolatus	1件
魚類	サケ Salmoniformes	キュウリウオ Osmeridae	シシャモ道南太平洋（襟裳岬以西）個体群 Spirinchus lanceolatus	1件	地域個体群 (LP)

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