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| 上位分類群 | 目名 | 科名 | 和名／学名 | 都道府県 | 文献上のカテゴリ | 環境省カテゴリ |
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| 昆虫類 | チョウ LEPIDOPTERA |
シロチョウ Pieridae |
スジボソヤマキチョウ Gonepteryx aspasia niphonica |
宮崎 | 絶滅 (EX-r,g,d) | |
| 魚類 | ナマズ Siluriformes |
アカザ Amblycipitidae |
アカザ Liobagrus reinii |
宮崎 | 絶滅 (EX-r,g,d) | 絶滅危惧Ⅱ類 (VU) |
| 哺乳類 | ネコ目（食肉目） Carnivora |
イタチ科 Mustelidae |
ニホンカワウソ本州以南亜種 Lutra lutra nippon |
宮崎 | 絶滅 (EX-r,g,d) | 絶滅 (EX) |
| 哺乳類 | ネコ目（食肉目） Carnivora |
クマ科 Ursidae |
ツキノワグマ Ursus thibetanus japonicus |
宮崎 | 絶滅 (EX-r,g,d) | |
| 維管束植物 | 単子葉類 MONOCOTYLEDONEAE |
トチカガミ Hydrocharitaceae |
トチカガミ Hydrocharis dubia |
宮崎 | 絶滅 (EX-r,g,d) | 準絶滅危惧 (NT) |
| 維管束植物 | 単子葉類 MONOCOTYLEDONEAE |
トチカガミ Hydrocharitaceae |
イトトリゲモ Najas gracillima |
宮崎 | 絶滅 (EX-r,g,d) | 準絶滅危惧 (NT) |
| 維管束植物 | 単子葉類 MONOCOTYLEDONEAE |
トチカガミ Hydrocharitaceae |
トリゲモ Najas minor |
宮崎 | 絶滅 (EX-r,g,d) | 絶滅危惧Ⅱ類 (VU) |
| 維管束植物 | 単子葉類 MONOCOTYLEDONEAE |
タヌキノショクダイ Thismiaceae |
タヌキノショクダイ Thismia abei |
宮崎 | 絶滅 (EX-r,g,d) | 絶滅危惧ⅠB類 (EN) |
| 維管束植物 | 単子葉類 MONOCOTYLEDONEAE |
タヌキノショクダイ Thismiaceae |
キリシマタヌキノショクダイ Thismia tuberculata |
宮崎 | 絶滅 (EX-r,g,d) | 絶滅 (EX) |
| 維管束植物 | 単子葉類 MONOCOTYLEDONEAE |
ユリ Liliaceae |
ホソバノアマナ Lloydia triflora |
宮崎 | 絶滅 (EX-r,g,d) | |
| 維管束植物 | 単子葉類 MONOCOTYLEDONEAE |
ラン Orchidaceae |
キンセイラン Calanthe nipponica |
宮崎 | 絶滅 (EX-r,g,d) | 絶滅危惧Ⅱ類 (VU) |
| 維管束植物 | 単子葉類 MONOCOTYLEDONEAE |
ラン Orchidaceae |
キバナエンシュウムヨウラン Lecanorchis suginoana f. flava |
宮崎 | 絶滅 (EX-r,g,d) | |
| 維管束植物 | 単子葉類 MONOCOTYLEDONEAE |
ラン Orchidaceae |
ヒメトケンラン Tainia laxiflora |
宮崎 | 絶滅 (EX-r,g,d) | 絶滅危惧Ⅱ類 (VU) |
| 維管束植物 | 単子葉類 MONOCOTYLEDONEAE |
ミズアオイ Pontederiaceae |
ミズアオイ Monochoria korsakowii |
宮崎 | 絶滅 (EX-r,g,d) | 準絶滅危惧 (NT) |
| 維管束植物 | 単子葉類 MONOCOTYLEDONEAE |
カヤツリグサ Cyperaceae |
カゴシマスゲ Carex kagoshimensis |
宮崎 | 絶滅 (EX-r,g,d) | |
| 維管束植物 | 単子葉類 MONOCOTYLEDONEAE |
カヤツリグサ Cyperaceae |
ミスミイ Eleocharis acutangula |
宮崎 | 絶滅 (EX-r,g,d) | 絶滅危惧ⅠB類 (EN) |
| 維管束植物 | 単子葉類 MONOCOTYLEDONEAE |
カヤツリグサ Cyperaceae |
スジヌマハリイ Eleocharis equisetiformis |
宮崎 | 絶滅 (EX-r,g,d) | 絶滅危惧Ⅱ類 (VU) |
| 維管束植物 | 離弁花類 ARCHICHLAMYDAE |
ケシ Papaveraceae |
ヤマブキソウ Hylomecon japonica |
宮崎 | 絶滅 (EX-r,g,d) | |
| 維管束植物 | 離弁花類 ARCHICHLAMYDAE |
ツゲ Buxaceae |
フッキソウ Pachysandra terminalis |
宮崎 | 絶滅 (EX-r,g,d) | |
| 維管束植物 | 離弁花類 ARCHICHLAMYDAE |
マンサク Hamamelidaceae |
コウヤミズキ Corylopsis gotoana |
宮崎 | 絶滅 (EX-r,g,d) |
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