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上位分類群	目名	科名	和名／学名	都道府県	文献上のカテゴリ	環境省カテゴリ
両生類	有尾 Caudata	オオサンショウウオ Cryptobranchidae	オオサンショウウオ Andrias japonicus	福井	県域絶滅	絶滅危惧Ⅱ類 (VU)
両生類	有尾 Caudata	オオサンショウウオ Cryptobranchidae	オオサンショウウオ Andrias japonicus	和歌山	絶滅 (EX)	絶滅危惧Ⅱ類 (VU)
魚類	サケ Salmoniformes	サケ Salmonidae	紀伊半島のヤマトイワナ（キリクチ） Salvelinus leucomaenis japonicus	和歌山	絶滅 (EX)	地域個体群 (LP)
魚類	トゲウオ Gasterosteiformes	トゲウオ Gasterosteidae	ミナミトミヨ Pungitius kaibarae	兵庫	絶滅	絶滅 (EX)
魚類	コイ Cypriniformes	コイ Cyprinidae	スイゲンゼニタナゴ Rhodeus smithii ssp.	兵庫	絶滅	絶滅危惧ⅠA類 (CR)
魚類	トゲウオ Gasterosteiformes	トゲウオ Gasterosteidae	ミナミトミヨ Pungitius kaibarae	京都	絶滅種	絶滅 (EX)
魚類	コイ Cypriniformes	ドジョウ Cobitidae	ヨドコガタスジシマドジョウ Cobitis minamorii yodoensis	京都	絶滅種	絶滅危惧ⅠA類 (CR)
魚類	コイ Cypriniformes	コイ Cyprinidae	ニッポンバラタナゴ Rhodeus ocellatus kurumeus	京都	絶滅種	絶滅危惧ⅠA類 (CR)
魚類	ナマズ Siluriformes	アカザ Amblycipitidae	アカザ Liobagrus reinii	宮崎	絶滅 (EX-r,g,d)	絶滅危惧Ⅱ類 (VU)
魚類	スズキ Perciformes	カジカ Cottidae	カジカ Cottus pollux	和歌山	絶滅 (EX)	準絶滅危惧 (NT)
魚類	スズキ Perciformes	キス Sillaginidae	アオギス Sillago parvisquamis	和歌山	絶滅 (EX)	絶滅危惧ⅠA類 (CR)
魚類	コイ Cypriniformes	コイ Cyprinidae	ゼニタナゴ Acheilognathus typus	東京	絶滅 (EX)	絶滅危惧ⅠA類 (CR)
魚類	スズキ Perciformes	ケツギョ Sinipercidae	オヤニラミ Coreoperca kawamebari	長崎	絶滅 (EX)	絶滅危惧ⅠB類 (EN)
魚類	コイ Cypriniformes	コイ Cyprinidae	ミヤコタナゴ Tanakia tanago	東京	絶滅 (EX)	絶滅危惧ⅠA類 (CR)
魚類	コイ Cypriniformes	コイ Cyprinidae	タナゴ Acheilognathus melanogaster	東京	絶滅 (EX)	絶滅危惧ⅠB類 (EN)
魚類	コイ Cypriniformes	コイ Cyprinidae	アカヒレタビラ Acheilognathus tabira erythropterus	東京	絶滅 (EX)	絶滅危惧ⅠB類 (EN)
魚類	サケ Salmoniformes	シラウオ Salangidae	シラウオ Salangichthys microdon	東京	絶滅 (EX)
魚類	スズキ Perciformes	キス Sillaginidae	アオギス Sillago parvisquamis	東京	絶滅 (EX)	絶滅危惧ⅠA類 (CR)
魚類	トゲウオ Gasterosteiformes	トゲウオ Gasterosteidae	ムサシトミヨ Pungitius sp.	東京	絶滅 (EX)	絶滅危惧ⅠA類 (CR)
魚類	トゲウオ Gasterosteiformes	トゲウオ Gasterosteidae	ニホンイトヨ Gasterosteus nipponicus	愛媛	絶滅 (EX)

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