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上位分類群	目名	科名	和名／学名	都道府県	文献上のカテゴリ	環境省カテゴリ
菌類	ヒダナシタケ Aphyllophorales	－	アミラッパタケ Albatrellus cantharellus	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
地衣類	－	－	ホソゲジゲジゴケ Heterodermia angustiloba	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
地衣類	－	－	ヌマジリゴケ Erioderma tomentosum	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
地衣類	－	－	シロツノゴケ Siphula ceratites	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	ハラタケ Agaricales	－	ハハジマモリノカサ Agaricus hahashimensis	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	ヒメノガステル Hymenogastrales	－	スナタマゴタケ Endoptychum agaricoides	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	ハラタケ Agaricales	－	ムニンヒトヨタケ Coprinus boninensis	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	ハラタケ Agaricales	－	ムニンヒメカラカサタケ Lepiota boninensis	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	ハラタケ Agaricales	－	ムニンヒメサカズキタケ Clitocybe castaneofloccosa	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	ハラタケ Agaricales	－	ハハノツエタケ Collybia matris	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	ハラタケ Agaricales	－	ムラサキチャヒラタケ Crepidotus subpurpureus	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	ハラタケ Agaricales	－	ムニンチャモミウラタケ Rhodophyllus brunneolus	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	ハラタケ Agaricales	－	フタイロコガサタケ Camarophyllus microbicolor	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
蘚苔類	ゼニゴケ	ジンガサゴケ	ダンゴゼニゴケ Mannia androgyna	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
蘚苔類	ゼニゴケ	ジンガサゴケ	ウルシゼニゴケ Mannia levigata	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
蘚苔類	ウロコゴケ	ヤクシマスギバゴケ	ヤクシマスギバゴケ Lepicolea yakusimensis	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
蘚苔類	イヌマゴケ	イタチゴケ	シワナシチビイタチゴケ Felipponea esquirolii	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	ハラタケ Agaricales	－	ムニンチヂミタケ Leptoglossum boninense	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	チャダイゴケ Nidulariales	－	ムニンチャダイゴケ Cyathus boninensis	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	ハラタケ Agaricales	－	ダイドウベニヒダタケ Pluteus daidoi	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)

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