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上位分類群	目名	科名	和名／学名	都道府県	文献上のカテゴリ	環境省カテゴリ
菌類	ハラタケ Agaricales	－－	ヘゴシロカタハ Pleurotus cyatheae	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	ハラタケ Agaricales	－－	ムニンキヤマタケ Hygrocybe miniatostriata	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	ハラタケ Agaricales	－－	ムニンチヂミタケ Leptoglossum boninense	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	チャダイゴケ Nidulariales	－－	ムニンチャダイゴケ Cyathus boninensis	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	ハラタケ Agaricales	－－	ムニンチャモミウラタケ Rhodophyllus brunneolus	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	ハラタケ Agaricales	－－	ムニンヒトヨタケ Coprinus boninensis	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	ハラタケ Agaricales	－－	ムニンヒメカラカサタケ Lepiota boninensis	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	ハラタケ Agaricales	－－	ムニンヒメサカズキタケ Clitocybe castaneofloccosa	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	ハラタケ Agaricales	－－	ムラサキチャヒラタケ Crepidotus subpurpureus	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	ハラタケ Agaricales	－－	Ｌｅｎｔｉｎｕｓｌａｍｅｌｌｉｐｏｒｕｓ Lentinus lamelliporus	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
藻類	シャジクモ Charales	シャジクモ Characeae	テガヌマフラスコモ Nitella furcata var. fallosa	環境省	野生絶滅 (EW)	野生絶滅 (EW)
藻類	シャジクモ Charales	シャジクモ Characeae	イケダシャジクモ Chara fibrosa var. brevibracteata	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
藻類	シャジクモ Charales	シャジクモ Characeae	キザキフラスコモ Nitella minispora	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
藻類	シャジクモ Charales	シャジクモ Characeae	ハコネシャジクモ Chara globularis var. hakonensis	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
藻類	ウシケノリ Bangiales	ウシケノリ Bangiaceae	コスジノリ Porphyra angusta	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
維管束植物	合弁花類 SYMPETALAE	ハマウツボ Orobanchaceae	クモイコゴメグサ Euphrasia multifolia var. kirisimana	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
維管束植物	シダ植物 PTERIDOPHYTA	オシダ Dryopteridaceae	コバヤシカナワラビ Arachniodes yasu-inouei var. angustipinnula	環境省	野生絶滅 (EW)	野生絶滅 (EW)
維管束植物	シダ植物 PTERIDOPHYTA	オシダ Dryopteridaceae	シビイタチシダ Dryopteris shibipedis	環境省	野生絶滅 (EW)	野生絶滅 (EW)
維管束植物	シダ植物 PTERIDOPHYTA	ヒメシダ Thelypteridaceae	ハイミミガタシダ Thelypteris aurita	環境省	野生絶滅 (EW)	野生絶滅 (EW)
維管束植物	単子葉類 MONOCOTYLEDONEAE	ラン Orchidaceae	キノエササラン Liparis bootanensis var. uchiyamae	環境省	野生絶滅 (EW)	野生絶滅 (EW)

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