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上位分類群	目名	科名	和名／学名	都道府県	文献上のカテゴリ	環境省カテゴリ
哺乳類	コウモリ目（翼手目） Chiroptera	オオコウモリ科 Pteropodidae	オキナワオオコウモリ Pteropus loochoensis	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
哺乳類	コウモリ目（翼手目） Chiroptera	キクガシラコウモリ科 Rhinolophidae	ミヤココキクガシラコウモリ Rhinolophus pumilus miyakonis	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
哺乳類	コウモリ目（翼手目） Chiroptera	ヒナコウモリ科 Vespertilionidae	オガサワラアブラコウモリ Pipistrellus sturdeei	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
哺乳類	ネコ目（食肉目） Carnivora	イヌ科 Canidae	ニホンオオカミ Canis lupus hodophilax	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
哺乳類	ネコ目（食肉目） Carnivora	イヌ科 Canidae	エゾオオカミ Canis lupus hattai	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
哺乳類	ネコ目（食肉目） Carnivora	イタチ科 Mustelidae	ニホンカワウソ北海道亜種 Lutra lutra whiteleyi	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
哺乳類	ネコ目（食肉目） Carnivora	イタチ科 Mustelidae	ニホンカワウソ本州以南亜種 Lutra lutra nippon	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
鳥類	コウノトリ Ciconiiformes	サギ Ardeidae	ハシブトゴイ Nycticorax caledonicus crassirostris	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
鳥類	カモ Anseriformes	カモ Anatidae	カンムリツクシガモ Tadorna cristata	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
鳥類	タカ Falconiformes	タカ Accipitridae	ダイトウノスリ Buteo buteo oshiroi	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
鳥類	タカ Falconiformes	ハヤブサ Falconidae	シマハヤブサ Falco peregrinus furuitii	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
鳥類	ツル Gruiformes	クイナ Rallidae	マミジロクイナ Poliolimnas cinereus brevipes	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
鳥類	ハト Columbiformes	ハト Columbidae	リュウキュウカラスバト Columba jouyi	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
鳥類	ハト Columbiformes	ハト Columbidae	オガサワラカラスバト Columba versicolor	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
鳥類	ブッポウソウ Coraciiformes	カワセミ Alcedinidae	ミヤコショウビン Halcyon miyakoensis	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
鳥類	キツツキ Piciformes	キツツキ Picidae	キタタキ Dryocopus javensis richardsi	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
鳥類	スズメ Passeriformes	ミソサザイ Troglodytidae	ダイトウミソサザイ Troglodytes troglodytes orii	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
鳥類	スズメ Passeriformes	ツグミ Turdidae	ウスアカヒゲ Erithacus komadori subrufus	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
鳥類	スズメ Passeriformes	ツグミ Turdidae	オガサワラガビチョウ Cichlopasser terrestris	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
鳥類	スズメ Passeriformes	シジュウカラ Paridae	ダイトウヤマガラ Parus varius orii	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)

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