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| 上位分類群 | 目名 | 科名 | 和名／学名 | 都道府県 | 文献上のカテゴリ | 環境省カテゴリ |
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| 維管束植物 | シダ植物 PTERIDOPHYTA |
ハナヤスリ Ophioglossaceae |
イオウジマハナヤスリ Ophioglossum parvifolium |
環境省 | 絶滅 (EX) | 絶滅 (EX) |
| 維管束植物 | シダ植物 PTERIDOPHYTA |
コバノイシカグマ Dennstaedtiaceae |
オオイワヒメワラビ Hypolepis tenuifolia |
環境省 | 絶滅 (EX) | 絶滅 (EX) |
| 維管束植物 | シダ植物 PTERIDOPHYTA |
ナナバケシダ Tectariaceae |
ウスバシダモドキ Tectaria dissecta |
環境省 | 絶滅 (EX) | 絶滅 (EX) |
| 維管束植物 | シダ植物 PTERIDOPHYTA |
ウラボシ Polypodiaceae |
ヒトツバノキシノブ Pyrrosia angustissima |
環境省 | 絶滅 (EX) | 絶滅 (EX) |
| 維管束植物 | 離弁花類 ARCHICHLAMYDAE |
キンポウゲ Ranunculaceae |
カラクサキンポウゲ Ranunculus gmelinii |
環境省 | 絶滅 (EX) | 絶滅 (EX) |
| 維管束植物 | 離弁花類 ARCHICHLAMYDAE |
マメ Fabaceae |
ソロハギ Flemingia strobilifera |
環境省 | 絶滅 (EX) | 絶滅 (EX) |
| 維管束植物 | 離弁花類 ARCHICHLAMYDAE |
マメ Fabaceae |
サガミメドハギ Lespedeza hisauchii |
環境省 | 絶滅 (EX) | 絶滅 (EX) |
| 維管束植物 | 離弁花類 ARCHICHLAMYDAE |
バラ Rosaceae |
ツクシアキツルイチゴ Rubus hatsushimae |
環境省 | 絶滅 (EX) | 絶滅 (EX) |
| 維管束植物 | 離弁花類 ARCHICHLAMYDAE |
イラクサ Urticaceae |
ホソバノキミズ Elatostema lineolatum var. majus |
環境省 | 絶滅 (EX) | 絶滅 (EX) |
| 維管束植物 | 合弁花類 SYMPETALAE |
ハマウツボ Orobanchaceae |
オオミコゴメグサ Euphrasia insignis ssp. insignis var. omiensis |
環境省 | 絶滅 (EX) | 絶滅 (EX) |
| 維管束植物 | 合弁花類 SYMPETALAE |
ハマウツボ Orobanchaceae |
マツラコゴメグサ Euphrasia insignis ssp. insignis var. pubigera |
環境省 | 絶滅 (EX) | 絶滅 (EX) |
| 維管束植物 | 合弁花類 SYMPETALAE |
ハマウツボ Orobanchaceae |
クモイコゴメグサ Euphrasia multifolia var. kirisimana |
環境省 | 絶滅 (EX) | 絶滅 (EX) |
| 維管束植物 | 合弁花類 SYMPETALAE |
キク Asteraceae |
トヨシマアザミ Cirsium toyoshimae |
環境省 | 絶滅 (EX) | 絶滅 (EX) |
| 維管束植物 | 単子葉類 MONOCOTYLEDONEAE |
キンコウカ Nartheciaceae |
ヒメソクシンラン Aletris scopulorum |
環境省 | 絶滅 (EX) | 絶滅 (EX) |
| 維管束植物 | 単子葉類 MONOCOTYLEDONEAE |
ヒナノシャクジョウ Burmanniaceae |
ミドリシャクジョウ Burmannia coelestris |
環境省 | 絶滅 (EX) | 絶滅 (EX) |
| 維管束植物 | 単子葉類 MONOCOTYLEDONEAE |
タヌキノショクダイ Thismiaceae |
キリシマタヌキノショクダイ Thismia tuberculata |
環境省 | 絶滅 (EX) | 絶滅 (EX) |
| 維管束植物 | 単子葉類 MONOCOTYLEDONEAE |
ラン Orchidaceae |
タイワンアオイラン Acanthephippium striatum |
環境省 | 絶滅 (EX) | 絶滅 (EX) |
| 維管束植物 | 単子葉類 MONOCOTYLEDONEAE |
ラン Orchidaceae |
ジンヤクラン Arachnis labrosa |
環境省 | 絶滅 (EX) | 絶滅 (EX) |
| 維管束植物 | 単子葉類 MONOCOTYLEDONEAE |
ラン Orchidaceae |
ツクシサカネラン Neottia kiusiana |
環境省 | 絶滅 (EX) | 絶滅 (EX) |
| 維管束植物 | 単子葉類 MONOCOTYLEDONEAE |
ラン Orchidaceae |
ツシマラン Odontochilus poilanei |
環境省 | 絶滅 (EX) | 絶滅 (EX) |
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