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上位分類群	目名	科名	和名／学名	都道府県	文献上のカテゴリ	環境省カテゴリ
維管束植物	単子葉類 MONOCOTYLEDONEAE	ラン Orchidaceae	ムニンキヌラン Zeuxine boninensis	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
維管束植物	単子葉類 MONOCOTYLEDONEAE	ホシクサ Eriocaulaceae	タカノホシクサ Eriocaulon setaceum	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
維管束植物	単子葉類 MONOCOTYLEDONEAE	カヤツリグサ Cyperaceae	タチガヤツリ Cyperus diaphanus	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
維管束植物	単子葉類 MONOCOTYLEDONEAE	カヤツリグサ Cyperaceae	ホクトガヤツリ Cyperus procerus	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
維管束植物	単子葉類 MONOCOTYLEDONEAE	カヤツリグサ Cyperaceae	チャイロテンツキ Fimbristylis leptoclada var. takamineana	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
維管束植物	単子葉類 MONOCOTYLEDONEAE	カヤツリグサ Cyperaceae	イシガキイトテンツキ Fimbristylis pauciflora	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
藻類	ウシケノリ Bangiales	ウシケノリ Bangiaceae	コスジノリ Porphyra angusta	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
藻類	シャジクモ Charales	シャジクモ Characeae	イケダシャジクモ Chara fibrosa var. brevibracteata	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
藻類	シャジクモ Charales	シャジクモ Characeae	ハコネシャジクモ Chara globularis var. hakonensis	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
藻類	シャジクモ Charales	シャジクモ Characeae	キザキフラスコモ Nitella minispora	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
地衣類	－－		ヌマジリゴケ Erioderma tomentosum	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
地衣類	－－		ホソゲジゲジゴケ Heterodermia angustiloba	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
地衣類	－－		イトゲジゲジゴケモドキ Heterodermia leucomelaena	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
地衣類	－－		シロツノゴケ Siphula ceratites	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	真正担子菌 Eubasidiomycetes	ハラタケ Agaricales	ハハジマモリノカサ Agaricus hahashimensis	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	真正担子菌 Eubasidiomycetes	ハラタケ Agaricales	フタイロコガサタケ Camarophyllus microbicolor	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	真正担子菌 Eubasidiomycetes	ハラタケ Agaricales	ムニンヒメサカズキタケ Clitocybe castaneofloccosa	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	真正担子菌 Eubasidiomycetes	ハラタケ Agaricales	ハハノツエタケ Collybia matris	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	真正担子菌 Eubasidiomycetes	ハラタケ Agaricales	ムニンヒトヨタケ Coprinus boninensis	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)
菌類	真正担子菌 Eubasidiomycetes	ハラタケ Agaricales	ムラサキチャヒラタケ Crepidotus subpurpureus	環境省	絶滅 (EX)	絶滅 (EX)

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